ウイルス学的な研究の情報


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新型コロナウイルスのウイルス学的な研究について

 ● Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019
  Nature Published: 01 April 2020
  … Extended data に抗体についての挙動(他のコロナウイルスとの交差性
   を示すもの)もあり。
 ● Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike
  Science 04 May 2020: eabb9983 DOI: 10.1126/science.abb9983
  … Sタンパクの糖鎖付加についての解析。

変異について

 2020年12月、イギリスにおいて変異ウイルス B.1.1.7 (20B/501Y.V1 Variant of Concern (VOC) 202012/01)の拡大があるとのイギリス政府からの発表がありました。また、南アフリカでも変異ウイルス(B.1.351 lineage (20C/501Y.V2))の拡大がみられると当局によって発表がされています。B.1.1.7 および他の変異についてここでまとめます。

B.1.1.7 (20B/501Y.V1 Variant of Concern (VOC) 202012/01) について

 ● 英国で検出された新型コロナの変異株 日本への影響は?どの程度恐れるべき?
  … Yahoo!ニュース個人 峰 宗太郎 2020.12.24
 ● イギリスの新型コロナ変異ウイルスは何が問題なのか
   … Yahoo!ニュース個人 忽那 賢志 2020.12.21
 ● イギリスと南アフリカ、それぞれの新型コロナ変異種の現在の状況は?
   … Yahoo!ニュース個人 忽那 賢志 2020.12.27
 ● 英国と世界がコロナ変異株に警戒する理由
   … Yahoo!ニュース個人 小野 昌弘 2020.12.26
 ● コロナ変異株にワクチンは効くのか
   … Yahoo!ニュース個人 小野 昌弘 2020.12.27
 
 ● 国立感染症研究所 感染性の増加が懸念されるSARS-CoV-2新規変異株について (第4報)

 ● WHO SARS-CoV-2 Variants
 ● CDC Emerging SARS-CoV-2 Variants
 ● ECDC Risk related to spread of new SARSCoV-2 variants of concern in the EU/EEA
 ● イギリス政府 Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01

 ● イギリス NERVTAG
 ● Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data
  … インペリアルカレッジロンドンのファーガソン博士のグループからの報告

 ● Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England
  … B.1.1.7 の感染のしやすさについて推定したプレプリント

 ●【報道】NYT Coronavirus Variant Is Indeed More Transmissible, New Study Suggests
 ●【報道】Vox The new UK coronavirus mutations, explained

B.1.351 lineage (20C/501Y.V2) について

 ● 南アフリカ COVID-19 ポータル

D614G 変異について

 ● No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2
  … Nature Communications volume 11, Article number: 5986 (2020)
    D614G 変異も含む繰り返し現れる変異によってヒト集団での
    感染性増加は明らかではないという報告
 ● SARS-CoV-2 D614G variant exhibits efficient replication ex vivo and transmission in vivo
  … Science 18 Dec 2020: Vol. 370, Issue 6523, pp. 1464-1468
   DOI: 10.1126/science.abe8499
    D614G 変異のあるウイルスは効率よく増殖し、
   動物モデルで感染しやすさが増すとの報告
 ● Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus
  … Cell July 02, 2020
   DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
   D614G 変異によって感染性が変わるとの報告

他の変異について

 ● Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant
  Journal of Translational Medicine volume 18, Article number: 179 (2020)
  … 変異しやすい部位には RdRp も含まれているという報告。

ウイルス-宿主関係

 ● Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses
  Nature Microbiology volume 5, pages 562–569(2020)
  … SARS-CoV-2 の受容体は ACE2 であるという解析。
 ● SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes
  Nature Medicine volume 26, pages681–687(2020)

遺伝学的研究

 ● Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
  Infection, Genetics and Evolution Available online 5 May 2020, 104351
  … SARS-CoV-2 の遺伝変異について。
 ● No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2
  Virus Evolution, veaa034, https://doi.org/10.1093/ve/veaa034
  … ウイルスのタイプは特に分かれていないという検討。
 ● 新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム分子疫学調査
  国立感染症研究所 2020.4.27
 ● Phylogenetic analysis of nCoV-2019 genomes
 ● Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
  Infection, Genetics and Evolution 5 May 2020, 104351
  … COVID-19 の流行は 2019年10月~12月に始まったのではないかとの推測。
 ● GISAID
 ● GenBank Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome

動物モデル

 ● 【プレプリント】Rapid adaptation of SARS-CoV-2 in BALB/c mice: Novel mouse model for vaccine efficacy
  … BALB/c mice への馴化によるモデル化。

環境での耐性など

 ● Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1.
  N Engl J Med 2020; 382:1564-1567. DOI: 10.1056/NEJMc2004973
  … 環境中における SARS-CoV-2 の活性維持の検討報告。
 ● Inactivation of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 by WHO-Recommended Hand Rub Formulations and Alcohols
  Emerg Infect Dis. 2020 Jul. https://doi.org/10.3201/eid2607.200915

解説・報道

 ● ウイルスの高病原化、確認できず 2タイプ併存否定―英大学
  時事通信 2020.5.10
 ● Coronavirus mutations: Scientists puzzle over impact
  BBC 2020.5.6
 ● Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome
  The New York Times 2020.4.3
  … 新型コロナウイルス SARS-CoV-2 のもつたんぱく質について
   非常によくまとまった記事。
 ● There is one, and only one strain of SARS-CoV-2
  Virology blog 2020.5.7
  … 様々な変異による「型」をいうものがあるが、新型コロナウイルス
   SARS-CoV-2は今のところ一つの「型」しかないという話。

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